新型コロナウイルス感染症対策への、貴職のご尽力に敬意を表します。

新型コロナウイルス感染症の感染が各地で拡がるなか、医療現場では、感染防止に最大限の配慮を行いつつ、診療活動を続けています。第６波への懸念が増すなかで、受診抑制の回復は見通せず、地域医療の維持も厳しい状況にあります。このようななか、政府は、日常生活の回復のためにも、ワクチン接種と検査のパッケージを推進していくとしており、今後も新たな変異種への対応や抗体維持のためにも、地域の医療機関の協力の下でのワクチン接種が進められることと認識しています。

ワクチン接種事業に係る委託料の取扱いについて、国税庁は、役務の提供の対価であり、消費税の課税対象との取扱いを明示し、自治体においては、消費税を含めた委託料を交付するなどの対応が行われていると承知しています。しかしながらこのことにより、現在、免税事業者となっている医療機関が、課税事業者となるケースが生じ、多くの医療機関でワクチン接種への協力を躊躇する要因になることが予想されます。

新型コロナウイルス感染症の収束が見通せないなか、防疫や治療対応、感染拡大防止等あらゆる面で、地域の医療機関の協力は不可欠です。今後、複数回のワクチン接種が必要となることも想定される状況において、消費税の取扱いの改善は急務であると考えます。公衆衛生上の観点より、予防接種事業に係る費用を、診療報酬と同様の取扱いとするなど、すべての医療機関に混乱や負担が生じない方法での協力体制を構築するよう検討してください。

【項目】

１．新型コロナウイルス感染症のワクチン接種に係る委託料等の消費税の取扱いについては、協力医療機関が消費税の課税事業者とならない取り扱いとすること。

新型コロナウイルス感染症のワクチン接種事業に係る委託料等の消費税の取扱いに関する要請書